NASA'nın Voyager 2 uzay aracı 1989'un Ağustos ayında uzak Neptün'ün yanından geçerken, gökbilimciler adeta afalladı. Neptün, Jüpiter'in aldığı güneş ışığının yalnızca yüzde 3'ünü aldığı için, karşılarına durağan, karanlık ve buz gibi bir gezegen çıkmasını bekliyorlardı. Oysa Voyager görüntüleri, hareketli ve çalkantılı bir dünyaya işaret eden kanıtlar ortaya koydu. En çarpıcı keşiflerden biri, burada yakından görülen Büyük Karanlık Lekeydi. Şaşırtıcı biçimde, hem boyut olarak benzerdi hem de Jüpiter'in Büyük Kırmızı Lekesi ile aynı göreli güney enleminde yer alıyordu; benzer şekilde dönen bir fırtına sistemi gibi görünüyordu. Lekenin yakınındaki rüzgârların hızı 2.400 km/saat'e kadar ölçüldü; bu, herhangi bir gezegende kaydedilmiş en güçlü rüzgârlardı. Voyager verileri ayrıca, kısa uçuş sırasında Büyük Karanlık Leke'nin boyutunun belirgin biçimde değiştiğini de gösterdi. Hubble Uzay Teleskobu 1994'te gezegene baktığında, lekenin ortadan kaybolduğu görüldü (ama hikâye burada bitmedi); Neptün'ün kuzey yarımküresinde başka bir karanlık leke ortaya çıkmıştı!