Türkiye’de bilimin nasıl yapılamadığı sorusu, yalnızca teknik yetersizlikler ya da kaynak eksikliği üzerinden değil, aynı zamanda akademik kültürün yapısal sorunları üzerinden ele alınmalıdır. Bu bağlamda, özellikle akademisyenler arası güç ilişkileri ve bunun öğrenciler üzerindeki yansımaları, bilimsel üretimin niteliğini doğrudan etkileyen kritik faktörler arasında yer alır.

Türkiye’de bilimsel üretimin önündeki en temel engellerden biri, eleştirel düşüncenin kurumsal düzeyde yeterince teşvik edilmemesidir. Akademik hiyerarşi çoğu zaman sorgulamayı değil, itaati ödüllendiren bir yapıya dönüşmektedir. Bu durum, genç araştırmacıların özgün fikirler geliştirmesini zorlaştırırken, mevcut bilgiyi tekrar eden ve risk almayan çalışmaların çoğalmasına yol açar. Bilimsel ilerleme ise doğası gereği eleştiri, tartışma ve yenilik üzerine kuruludur; bu unsurların bastırıldığı bir ortamda bilimin gelişmesi beklenemez.

Bununla bağlantılı olarak, akademide yaygın şekilde dile getirilen sorunlardan biri de “akademik mobbing”dir. Özellikle lisansüstü öğrenciler ve araştırma görevlileri, danışman ya da kıdemli akademisyenlerin doğrudan ya da dolaylı baskılarına maruz kalabilmektedir. Bu baskılar bazen aşırı iş yükü, bazen emeğin görünmez kılınması, bazen de psikolojik yıldırma şeklinde ortaya çıkar. Öğrencilerin kendi akademik kimliklerini geliştirmeleri gerekirken, çoğu zaman bir başkasının akademik ajandasını yürütmekle sınırlı kalmaları, bilimsel yaratıcılığı ciddi biçimde zedeler.

“Birbiri üzerinden araştırma yaptırma” olarak ifade edilen pratik de bu bağlamda dikkat çekicidir. Bazı durumlarda öğrenciler, kendi akademik gelişimleri için değil, danışmanlarının yayın sayısını artırmak veya akademik rekabette avantaj sağlamak amacıyla yönlendirilir. Bu durum, öğrencinin araştırma konusunu içselleştirmesini engellediği gibi, etik sorunları da beraberinde getirir. Katkının adil şekilde tanınmaması, akademik emeğin sömürülmesi ve yazar sıralamalarındaki adaletsizlikler, bilimsel üretimin güvenilirliğini de tartışmalı hale getirir.

Bu sorunların bir diğer sonucu ise nitelik yerine niceliğin ön plana çıkmasıdır. Akademik yükselme kriterlerinin büyük ölçüde yayın sayısına dayalı olması, araştırmacıları hızlı ve yüzeysel üretime yönlendirebilir. Bu ortamda öğrenciler, derinlemesine düşünme ve uzun soluklu araştırmalar yerine, kısa vadeli ve “yayınlanabilir” sonuçlar üretmeye zorlanır. Böyle bir sistemde bilim, hakikati arama faaliyetinden ziyade performans göstergesine indirgenmiş olur. Devletin imkanları ile kurulmuş laboratuvarlarda araştırma öğrencilerine para karşılığı analizler yapmak yada sen şu üniversitenin öğrencisi şu danışmanın öğrencisisin diye imkan sağlamamakla kalmayıp  gibi bu analizleri yurt dışına gönderceğiniz zaman da ilgili kurumları arayıp biz varken neden yurt dışına gidecek demek karşılığında ise onların öğrencisi olmadığınız için çalışmaya köstek olmakta ayrı bir tavır. Ne kadar etik bir tavır tartışılır .