Bu asteroitin yüzeyinin bazı kısımları neden bu kadar pürüzsüz? Henüz kimse kesin olarak bilmiyor. Ancak bunun, tek parça sağlam bir kaya yerine gevşek bir asteroit türü olan, bir moloz yığını yapısının dinamikleriyle ilgisi olabilir. Sıradışı asteroiti yakın zamanda, Japon uzay aracı Hayabusa ziyaret etti. Hayabusa, Itokawa'nın alışılmadık yapısını ve gizemli krater azlığını ayrıntılı biçimde belgeledi. Itokawa'nın pürüzsüz ve engebeli bölümleri arasındaki sınır hatlarına ilişkin yakın tarihli analizler, asteroitin sarsılıp durmasının yüzeye yakın yerde büyük ve küçük kayaları birbirinden ayırıyor olabileceğini gösteriyor. Bu durum, Brezilya fındığı etkisine benziyor. 2005'in sonlarında Hayabusa, MUSES Denizi adı verilen pürüzsüz alanlardan birine gerçekten indi ve inceleme için Dünya'ya geri getirilecek toprak örnekleri topladı. Hayabusa bu ay, Dünya'ya doğru üç yıl sürecek dönüş yolculuğuna başlayacak. Bilgisayar benzetimleri, 500 metrelik asteroit Itokawa'nın önümüzdeki birkaç milyon yıl içinde Dünya'ya çarpabileceğini gösteriyor.