DNA dizileme teknolojileri gelişmeden önce filogenetik ağaçlar(taksonomide olduğu gibi) morfolojiye bakılarak çiziliyordu. 1960'lar ve sonrasında filogenetikte DNA kullanılmaya başlandı ve kullanımı giderek arttı. Şu anda filogenetik ağaç oluşturmanın ana ve varsayılan yöntemi DNA'dan faydalanmak. Ancak bu demek değil ki morfoloji hiç kullanmıyoruz.^[1]

Yalnızca morfolojiye bakarak oluşturulan filogenetik ağaçlar hataya daha yatkın ama SEM(Taramalı Elektron Mikroskobu) gibi icatlar sayesinde morfolojiyi çok daha yakından ve çok daha detaylı inceleyebiliyoruz. Morfoloji artık filogenetik ağaç oluşturmanın ana yolu olmasa da DNA kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçların verdiği sonuçların yanında hâlâ değerlendiriliyor ve destekleyici veri olarak önemli görülüyor.^[1][2]

I will argue that, despite many undeniable advantages of molecular data, it is still absolutely necessary that we continue to collect additional morphological data for phylogenetic analysis, and continue to improve our methods for morphologybased phylogenetics.^[2]

Tüm Reklamları Kapat

JOHN J. WIENS

Yalnızca morfolojiye bakarak filogenetik ağaç çizmek doğru olmadığı gibi DNA'daki tek bir gene veya tek bir proteine bakarak filogenetik ağaç çizmek de çok doğru değil. DNA'nın farklı kısımları(farklı genetik işaretleyiciler) ile yapılan analizler farklı sonuçlar veriyor ve farklı metotlar kullanılınca farklı ağaçlar ortaya çıkıyor. Bu yüzden daha doğru sonuçlara ulaşmak için birden fazla genetik işaretleyici, ultrakorunmuş elementler, mitokondriyal DNA gibi farklı veriler kullanılıyor ve ağaçlar Maximum Likelihood, Bayesian inference, Maximum Parsimony gibi farklı metotlar ışığında oluşturuluyor.^[3]

Zou, Y. et al. (2024). Common Methods for Phylogenetic Tree Construction and Their Implementation in R. Bioengineering, 11(5), 480.

Ayrıca şunu da eklemek isterim ki filogenetik ağaçlar canlıların evrimsel ilişkilerini anlamak için kullandığımız en iyi yol olsa da ister genetik veri ister morfolojik veri ile oluşturulsunlar kusursuz değiller ve hata payları var. Bu yüzden filogenetik ağaçlarda dalın(branch) yanına analizin o dalı ne kadar desteklediği yazılır, bu destekleme oranı ise consensus tree, bootstrapping gibi yöntemlerle hesaplanır. Bu yöntemlerin de artıları ve eksileri var. Bu yöntemlerle kontrol bile etsek ağacın doğruluğu 100% kesin değil.^[4]

Biyocoğrafik konuyu da sormuşsunuz o da ilgili bir konu. DNA Barkodlama adlı bir tür tespiti yöntemi var. Canlının DNA'sı dizileniyor ve bir kısmı türün tespiti için kullanılıyor. DNA barkodlamada kullanılan kısma "barkod" deniyor.^[5] Barkod olarak kullanılan kısım taksondan taksona değişiyor ama genellemek gerekirse en çok COI kullanılıyor.^[6] COI da aynı zamanda filogenetik ağaç oluştururken baktığımız genetik işaretleyicilerden biri.

Mantıken bir türün aynı coğrafyadan toplanmış örneklerinin akrabalıklarının, farklı coğrafyadaki örneklerden fazla olmasını beklersiniz. Ki bu böyle görünüyor. Mesela örümceklerde^[7][8], teke böceklerinde^[9] ve poni balıklarında^[10] çalışmaların bu mantığa uyduğu gözüküyor.(daha fazla örnek aradım ama yoruldum)

Örneğin bir türün ana vatanının Afrika olduğu, sonradan beşer yolla Amerika'ya yayıldığı biliniyor ise; siz de "Amerika'daki bireylerin birbirlerine olan genetik yakınlıkları, Afrika'daki bireylere olan genetik yakınlıklarından fazladır." derseniz çıkarımınız çok yanlış olmaz.("çok" yanlış olmaz dememin sebebi türün birden fazla kez Amerika'ya getirilmiş olma olasılığı)

Seah, Y.G. et al. (2017). Levels of COI divergence in Family Leiognathidae using sequences available in GenBank and BOLD Systems: a review on the accuracy of public databases. AACL Bioflux, 10(2), 391-401.

Özetlemek gerekirse filogenetik ağaç oluşturmada ana yol DNA'ya bakmak olsa da morfolojiye bakmak fayda sağlıyor ve bazı çalışmalar hem DNA'ya hem morfolojiye bakıyor. Özellikle sonda sorduğunuz DNA'sı eksik olan durumlarda morfoloji daha da faydalı oluyor. Coğrafya'ya bakılarak filogenetik ağaç oluşturulmuyor ancak oluşturulan ağaçta kullanılan bireyin toplandığı ülke yazılabiliyor veya eklenen türün yaşadığı bölgenin neresi olduğu eklenebiliyor.

Daha akıcı yazılar yazmak! Görece spekülatif bir konu; hangi tür metinler yazacaksınız? Şiir için kullanacağın metodoloji bilimsel makale için geçerli olmaz örneğin, öykü için kullanacağın anlatı dilini piyes yazarken kullanamayacağın aşikar… ben sorunuzu genel bir yazım çerçevesinde algılayıp ona göre yanıtlayacağım.

Biz yazarlar için içsel bir görü ile oluşturduğumuz metinler çoğu kez bizim için bile anlaşılamazdır; yazdıktan sonraki okumalarımız bu anlamıyla bize haz verir. İçimizde sakladığımız bir başka ben bu metinlerde ortaya çıkmaya başlar ve tanıklığını yapacağımız kişi bizi heyecanlandırır. Bu durumu Wittgenstein çok güzel açıklar “Ben kalemiyle düşünen bir adamım, çoğu zaman aklım kalemimin ne yazacağını bilmez” diyor.^[1] Elbette buradan vahiy ya da benzeri bir ilham perisinden söz etmek mümkün değil ama yazma anına kadar diyalektik gelişmemiş iç dünyan seni o sözcüklere hazırlamamışsa bu yazim serüveni aslında hiç başlamamıştır ve eline kalemi alarak yazmaya başlayarak anlamlı ve akıcı bir metnin ortaya çıkmasını beklemek mümkün görünmemektedir.

Peki bilinçli olarak o seviyeye nasıl gelebilirsin? Muhtemeldir ki bunun cevabı da yazardan yazara değişecektir; kendi adıma günlük benzeri “defter” tutmak oldu bunun cevabı. Zaman içinde yazdığım mektupları defterle birleştirerek hibrit metinler ortaya çıkarmaya başladım. Zira mektup yazmak en samimi ifade biçimidir, defter tutmak ise pratiğini geliştirip kurgunun iskeletlerini oluşturmaya başlar. Bunu en duru şekilde dile getiren, Fransız şair ve düşünür Paul Valéry'nin şiirin yaratım süreciyle ilgili görüşleridir. Valéry, şiirin ilk dizesinin ya da ilk kıvılcımının "tanrılardan geldiğini", geri kalanının ise şairin emeği olduğunu söyler.^[2]

Ancak bu küçümsenecek bir olgu değildir aksine ilk sözcüğü bulmamın yüceliğinin altını çizer.

“Sonsuzluk ve bir gün” isimli filmi izlediysen orada arkaik bir şairin hikayesi anlatılır: Köy köy, kasaba kasaba gezerek “sözcük” satın alır ve şu şiiri bizlere sunar “çiy tanesinin titreyişi, suya vuran son yıldız parlak bir güneşi müjdeledi. Bir tek bulut, en ufak bir sis perdesi yoktu, uçsuz bucaksız gökyüzünde. Meltemin soğuğu yüzümü okşuyordu hafifçe, kalbimin yapraklarına fısıldar gibi; hayat narindir, hayat narindir”.^[3]

Merhaba

Bence bu senaryonun en ilginç tarafı, bilimsel sorudan çok hukuki ve etik boyutunun olması. Zira eğer Homo neanderthalensis veya Homo erectus günümüze kadar ulaşsaydı, "insan" tanımını yeniden yapmak zorunda kalırdık.

Şöyle ki;

Aslında bu sorunun kesin bir cevabı yok. Çünkü modern hukuk sistemi, bizim dışımızda hayatta kalan başka bir insan türüyle hiç karşılaşmadı. Ancak mevcut bilimsel bilgiler üzerinden bazı tahminler yapabiliriz. Öncelikle, Homo neanderthalensis ve Homo erectus günümüzde yaşamıyor. Bildiğimiz kadarıyla yaşayan tek insan türü Homo sapiens'tir. Ancak bu, onlarla hiçbir bağımız olmadığı anlamına gelmiyor. Özellikle Homo neanderthalensis ile Homo sapiens geçmişte çiftleşmiş ve gen alışverişinde bulunmuştur. Bugün Avrupa, Batı Asya ve Asya kökenli insanların genomlarının bilidğim kadarıyla yaklaşık %2 'si Neandertal kökenli DNA parçaları taşımaktadır. Yani bir anlamda Neandertaller tamamen "yok olmuş" değildir keza genetik miraslarının küçük bir kısmı hala bizim içimizde yaşamaktadır. Buna karşılık Afrika kökenli popülasyonlarda bu oran çok daha düşük veya yok denecek kadar az olduğunu biliyorum. Homo erectus için ise durum farklıdır. Şu ana kadar Homo erectus ile Homo sapiens arasında doğrudan genetik karışımı kesin olarak gösteren bir kanıt bulunmamaktadır. Lakin bazı araştırmacılar, özellikle Endonezya'da yaşamış geç dönem erectus topluluklarının tam kesin olmamakla beraber modern insanlarla temas etmiş olabileceğini düşünüyor. Neandertaller veya Homo erectus küçük topluluklar halinde günümüze ulaşsaydı ne olurdu sorunuza cevap verecek olursam: Bence büyük ihtimalle ilk tartışma, onların insan mı yoksa koruma altına alınması gereken ayrı bir tür mü olduğu üzerine yaşanırdı. Keza taksonomik olarak Homo cinsi içerisinde yer aldıkları için biyolojik açıdan insan akrabaları oldukları açıktır. Lakin hukuken onlara tam vatandaşlık mı verileceği, yoksa farklı bir statü mü tanımlanacağı büyük bir etik kriz yaratacağını düşünüyorum. Hatta başka bir örnek verecek olursam: bazı devletler veya kurumlar onları ayrı bir biyolojik tür olarak değerlendirip özel koruma yasaları oluşturmak isteyebilirdi. Bu da etik açıdan oldukça problemli olurdu çünkü düşünebilen ve toplumsal ilişkiler kurabilen bireyleri "koruma altındaki hayvan" kategorisine sokmak ciddi insan hakları tartışmalarına yol açacağını da düşünüyorum. Buna karşılık küçük bir senaryo üretecek olursam habitat kaybı, düşük nüfus, genetik çeşitlilik eksikliği ve insan faaliyetleri nedeniyle yok olma riski taşıyan türler için bu oldukça muhtemel gibi görünüyor. Fakat işin ironik tarafı şu ki; bir yandan onları koruma altına almaya çalışırken diğer yandan onlara mahkemelerde tanıklık yapma hakkı verilip verilmeyeceğini tartışıyor olurduk. Sonuç olarak bana göre Neandertaller günümüze ulaşsaydı, modern dünyanın karşılaşacağı en büyük sorulardan biri şu olurdu: İnsan olmak, sadece Homo sapiens olmak mıdır, yoksa düşünebilmek, hissedebilmek ve toplumsal bir özne olabilmek midir? Belki de bu soru, aslında bizi insan yapan şeyin ne olduğunu yeniden tanımlamamıza neden olurdu. ^[1] Umarım bu yorumum faydalı olmuştur. Saygılarımla.

Hepsi İçinde…

Doğal seçilim, yapay seçilim, biyolojik(doğal) evrim, kültürel evrim vb. hepsi doğanın hem bir parçası hem etkileneni hem de etkileyeni ve çıktısı olarak doğanın ta kendisidir. Ve bence ayrı ayrı şeyler değildir.

Seçilim seçilimdir. Bunu doğanın kendi (bizden bağımsız) argümanları ile yapması ile buna bizlerin doğrudan müdahalesi farklı şeyler değildir. Çünkü bizler bu doğaya içkin varlıklarız. Ha bir virüs, ha bir meteor ya da tersinden aşı hiç fark etmez.

Bir kartal bir kaplumbağayı yüksekten kayalık bir alana bırakınca yahut bir maymun taş kullanarak cevizi kırınca doğal oluyor da biz büyü mü yapıyoruz. Yine doğada olanı araçsallaştırıp lehimize kullanmış olmuyor muyuz?

Bunun neresi doğal değil. Bunu daha organize ve daha (görece) hassas kılan zekâmız maddi temelli doğal bir çıktı değil mi ki, bu zekanın kullanımını doğaya bir müdahale olarak görelim ve bundan kaynaklı evrimi kültürel, seçilimi de yapay olarak farklı şekilde adlandıralım.

Çiftçi karıncaların mantar yetiştiriciliği ile bizim hormon takviyeli domates yetiştiren çiftçiler arasındaki fark ne ki biri doğal diğeri yapay olsun. Her ikisi de hayatta kalma ve neslin devamı direktifleri ile doğaya müdahale etmiş ve kendi lehlerine kullanma derdine düşmüş olmuyor mu?

Ya da daha da ileriye gidersek; gün gelip ürettiğimiz yapay zekanın kendi gelişiminin inisiyatifini ele alıp çoğalmaya başlaması ve bir süre sonra hükümran olması evrimin neresi ile çelişir.

Olay ve olguları biz (insan) merkezli ele alışımız değil mi ki bizi bir süre sonra doğanın da üstünde ve onu aşkın (tanrısal) bir varlık kibri ile tüketen. Aynı kibrin ortak atalarımız olan maymunlarda da olduğunu bir düşünsenize…

Oysa onların şimdiki kuzenlerinin bizlerle böylesi sen ben sorunu yok, değil mi. Yarın yapay zekanın üstün bir makine olarak bizimle yahut o günkü bizlerin onunla niye sen ben sorunu olsun ki.

Böylesi bir durumun neresi evrimle tezat. Tek fark bizlerin biyo-kimyasal, makinelerin ise fiziksel temelli olması mı? O zaman esas olana geleceğiz, yani evrensel hiyerarşiye: Fizik-Kimya-Biyoloji…

Her biyolojik varlık esasında kimyasal ve fiziksel bir varlıktır. Her kimyasal varlık özünde fiziksel bir varlıktır…Öyle değil mi?

Doğa sürekli devinim ve dönüşüm halindedir ve der ki: “Ben evrensel yasalara tabiyim ve içkin olduğum evrenin içinde olan her şey beni etkiler ve etkinin şiddeti oranında da değiştirir, yani değişirim. Dolayısı ile de bana içkin olan her şey de bundan etkilenir ve değişir. Ola ki benim değişim hızım ile kendi değişim (bana uyum) hızını ortaklaştıramayanlar da özüne yani elenerek ilksel madde formuna döner. “

Ve ekler: “İşte burada benim (doğanın) devinimim ile kendi deviniminin ritmini, kalp atışını, adım atışını veya adına ne dersek diyelim, uyumlu hale getirenler yoluna devam eder ki evrim budur. Bunu yapabilene de üstüne bonus olarak ben, yine benimle uyumlu yol alabilecek tohumlar ekme (üreme) şansı tanırım. Buna da doğal seçilim denir.”

Ve ekler:” Bana içkin varlıkların bunu nasıl başaracağının benim nazarımda bir hükmü yok, beni şaşırtmaz da. Çünkü yapabilecekleri her şey yine bana ve benim de tabi olduğum evrene ve onun yasalarına içkindir.”

Soruya gelirsek: Ölüm, doğal seçilim maratonunda yarıştan çekilmektir. Doğal seçilimi işleten değil sonuçlandıran bir olgudur. Bu nedenle de ne zaman gerçekleşeceği esastır. Çünkü her canlı ölür. Şayet ölümü, zaman ve mekândan bağımsız ele alıp doğal seçilimin temel argümanı haline getirir isek ve her canlı eninde sonunda öldüğüne göre ne evrim kalır ne de seçilim.

Ancak elbette daha çok, daha erken ölümlere vesile olan kanser gibi bir hastalık, zamanla kanser hastalarının gen havuzundaki oranını düşürebilir ve bir müddet sonra kanser ortadan kalkabilir diyebiliriz. Ancak doğa durağan değil. Öyle olsa idi bugün kanser vakaları tam tersi artmaz idi. Bizim hesaplarımız varsa doğanın da bizden azade hesapları var her zaman.

Bir diğer husus kanserin tedavisine yönelik olandır. Bir hastalığın tedavisinin bulunması o hastalığı hem artık bir hastalık hem de eleyici bir unsur olmaktan çıkaracağı için insanların sonsuza kadar gen aktarımı yoluyla kanser olması beklenmez. Çünkü tedavide elenen kanseri yapan genin kendisidir. (Doğanın sürekli güncellenen yeni hesapları saklı olmak üzere…)

Çünkü doğal seçilim, çevre koşullarına uyum sağlama konusunda avantajlı genetik özelliklere sahip bireylerin, bu özellikleri taşımayanlara kıyasla hayatta kalma ve üreme şansının daha yüksek olması sürecidir. Ve bu mekanizma, avantajlı özelliklerin yeni nesillere aktarılmasını sağlayarak türlerin gen ve özellik dağılımlarının değişmesine yol açar. Buna da evrim diyoruz.

Neyin, nerede, ne zaman ve kim-ne için avantajlı olup olmayacağını ne kadar süreceğini yine aynı devinim yasaları belirler. Her şey “olağan” iken milyonlarca yıl iri cüsse dinozorları egemen kıldı ta ki bir meteor noktayı koyana kadar. İşte o an o yaşamsal iri cüsse bir ölüm makinesine döndü, minikler içinse tam tersi…

Yarın, ileride kanserin kendisinin de basit birkaç müdahale ile inatçı, direngen ve sürekli çoğalma arzusu üzerinden uzun ömrün ve vesilesi ile devasa bir avantajın (doğal seçilimin) aracı olmayacağını kim garanti edebilir veya çok daha hızlı sirayet eden ve ölümcül bir başka soruna karşı lehte bir bariyer olup olmayacağını…Sevgiyle…