MHC sınıf II moleküllerinin polimorfik olmayan kısımlarına (antijen bağlayıcı yarık dışına) bağlanan ve T hücresi reseptörünün Vb alanı ile etkileşen bir virüsün veya bakterilerin bir antijenidir. Bu yolla, uygun Vb'yi taşıyan (belirli bir klon yerine) T hücrelerinin tüm bir alt grubunu aktive ederler ve ardından süperantijene maruz kaldıklarında aktive edilmiş T hücreleri silinir. Bir süper antijen, yardımcı T hücre repertuarının %20'sine kadarını aktive edebilir.