Burada kast edilen Kongo Nehri, iki türün birbirlerinden izole kaldıklarını ima etmektedir. Her iki türün yaşam ortamları, ortak benzerliklerinin yanı sıra farklılıklar da içerir. Şempanzeler; tropikal yağmur ormanları, karma orman-savana ve dağ ormanları gibi farklı alanlara uyum sağlamıştır. Bonobolor ise sadece Kongo Havzası olarak bilinen Kongo Demokratik Cumhuriyeti'ndeki alçak yağmur ormanlarında yaşamlarını sürdürürler. Alçak yağmur ormanlarının bitki türleri de diğer bölgelere nazaran farklılık gösterir, yani her iki türün beslendiği bitkiler farklı olabiliyor.

Davranış ve fiziki farklılıklarını sadece çevre şartlarına bağlarsak, konuyu dar bir çerçeveden değerlendirmiş oluruz. Bonobo ve şempanzelerin yaklaşık 1,7 milyon yıl önce ortak bir atadan ayrıştıkları düşünülür. Şempanzeler bonoboya veya bonobolar şempanzeye evrilmiş değildir, yani birbirlerinin alt türü değildirler.

Çevre şartlarını çok etkili olduğu doğal seçilimin dışında, diğer evrim mekanizmaları da farklılıklarında etkili olabilir ve bunların başında cinsel seçilim gelebilir. Zaten çok büyük olmayan ve belli şartlara sahip bir bölgeye sıkışmış olan bonobolar, daha az çatışmacı, birbirlerine destek olan karşı cinsi tercih etmiş olabilir. Bir diğer etkili mekanizma "akraba seçilimi" gibi görünüyor: Birbirlerine yakın akrabalar başarısız bir bireyi destekleyerek hayatta kalmasını sağlayabilir. Normalde elenmesi gereken birey de üreme şansı bulacaktır ve ilginç bir seçilim türü karşımıza çıkar. Her ne kadar olumsuz bir durum gibi görünse de bazı avantajları vardır. Türün genleri birbirlerine çok yakın olduğundan, bir birey kardeşine, kardeşinin çocuğuna yardım ettiğinde de genlerini başarılı bir şekilde gelecek nesle aktarmış olacaktır. Evrim biyologları bu durumu "kapsayıcı uyum başarısı" olarak tanımlamışlardır.^[1][2][3]