Sorunuz yanlış. Atomlar görünmez diye bir şey yok, tane atomları biz göremiyoruz. Çünkü atomları çıplak gözle görmemizin bizim biyolojik amaçlarımıza katkısı yok. Biz biyolojik varlıklarız ve gözümüzün beynimize gönderdiği bilgiler sınırlı ve kısıtlı.

Atomları göremeyiz. Hatta çok gelişmiş mikroskoplar altında bile göremeyiz. Nedeni ise çok açık. Atomun büyüklüğü görünür ışığın dalga boyundan bin kat daha düşük ve ışık dalgaları atomların arasından akıp gider. Görebilmemiz için ışığın atoma çarpıp yansıması gerekirdi. Dalga boyu düşük, frekansı yüksek ışınlar kullandığımız zaman (x ışını, gama ışını gibi) bu seferde enerjili ışın elektronla etkileşime giriyor ve atomu başka bir izotopa dönüştürüyor. Kaldı ki bu ışınlar da zaten görünür ışık dalga boyunda ve frekansında değillerdir.

Rakamlar ile anlatacak olursak; görünür ışık 350-700 nm dalga boyunda, en basit hidrojen atomu ise elektron çapını dikkate alsak dahi 0,1 nm kadardır. ^[1]