Moleküler saat hipotezinin diğer adıdır. Belirli bir protein ailesi (ribozomal, sitokromal vb.) içinde sabit oranda amino asit meydana getirilir ve iki tür arasındaki ayrışma derecesi akrabalık derecelerini test etmek için kullanılan bir moleküler evrim analizi yöntemidir. Proteinleri oluşturan aminoasitlerin genler üzerindeki kodlarında meydana gelen mutasyonların, göreceli olarak sabit bir hızda meydana gelmesine dayanır. Dolayısıyla, aynı protein dizisindeki genetik farklılıklara bakarak, bir türün diğerinden ne zaman ayrıldığı, sabit zaman aralıklarında meydana gelen mutasyonlardan anlaşılabilir.