Farklı organizmalarda bulunan, atasal kökeni aynı, dolayısıyla yapısal ve işlevsel benzerliği olan fakat tür oluş sürecinde ayrılmış olan genler. Şekilde A atasal geninin tür içinde A ve B genlerine ikilenmesinden (duplikasyon) sonra, türleşme sürecinde farklı türlere geçişi gösteriliyor.

Bu terimi ortaya ilk atan Walter M. Fitch 1970 yılında Systematic Zoology dergisinde yayınladığı makalesinde: "Homoloji, türleşmenin oluşumu sonucunda ortaya çıkıyorsa o gen, türün hikâyesini anlatır. Örneğin insanlardaki ve farelerdeki alfa hemoglobin genini ele alabiliriz. Bu genler ortolog (ortho=kesin) olarak adlandırılmalıdır." diyor. Ortoloji, türler arası ilişkilerin belirlenmesinde günümüz filogenetik yaklaşımlarında sıklıkla kullanılan bir olgudur.

Aileye özgü ortolog genler de türlerin yine kendi içinde gen alışverişlerine ışık tutan, alttürler arasındaki evrimsel ilişkileri de anlamamıza yarayan genlerdir. (Örneğin; LaCOGs: Laktobasillere özgü ortolog gen kümeleridir).