DNA dizilimindeki tek nükleotit değişikliğidir. Bu bir bölgedeki tek nükleotit değişikliği amino asit dizisinin değişmesine neden olabilir de, olmayabilir de. MHC genlerinde nokta mutasyonları fazla görülmez.

Nokta mutasyonuna bağlı olarak kistik fibrizos, nörofibromatozis, kanser, orak hücre anemisi, tay-sachs hastalığı, renk körlüğü hastalıkları ortaya çıkabilir.