Aynı öncül RNA ile farklı mRNA'ların oluşturulması. Bu durum, farklı aminoasit kompozisyonlara ait proteinlerin oluşturulmasına sebep olabilir ya da sadece 3' UTR uzunluğunu değiştirebilir. Alternatif (diferansiyel) eşleşme için bir sebep, RNA düzenlemesi sırasında, kesim alanlarındaki değişime sebep olan bir modifikasyonun oluşmasıdır.