Halil İnalcık, 7 Eylül 1916 tarihinde İstanbul'da doğdu. Ünlü tarihçi Halil İnalcık Kırım göçmeni olan tüccar Seyit Osman Nuri Bey’in oğludur. Çocukluğunun ilk yılları savaşlarla geçmiştir. Ailesi daha sonra 1924 yılında Ankara’ya yerleşmiş ve Halil İnalcık eğitim hayatına burada başlamıştır. Buradaki öğrenim hayatından sonra Balıkesir Öğretmen Lisesi’ne devam etmiştir. Ankara Üniversitesi Dil, Tarih ve Coğrafya Fakültesi'nden mezun olan İnalcık, tarih alanında yüksek lisansını da aynı üniversitede tamamladı.
Halil İnalcık, akademik kariyerine İstanbul Üniversitesi'nde başladı. İstanbul Üniversitesi'nde öğretim üyesi olarak görev yaparken, pek çok uluslararası üniversitede konuk öğretim üyesi olarak dersler verdi. Ayrıca, Harvard Üniversitesi ve Chicago Üniversitesi gibi prestijli Amerikan üniversitelerinde de çalışmalarda bulundu.
İnalcık, Osmanlı İmparatorluğu tarihi konusunda uzmanlaşmış ve bu alanda önemli araştırmalar yapmıştır. Onun çalışmaları, Osmanlı İmparatorluğu'nun siyasi, sosyal ve ekonomik yapısını anlamamızı sağlamış ve bu alanda birçok yeni perspektif sunmuştur.