Evrimi Görselleştiren Siteler: Evrim Ağacı'nı Kurcalamak İsteyenler İçin Bir Kaynak!

Evrim, bugüne kadar var olmuş yüz milyarlarca türü ve günümüzde var olan on milyonlarca ökaryotik ve prokaryotik türü kapsadığı için, bunca türün birbiriyle olan akrabalık ilişkilerini göstermek kimi zaman zorlu bir göreve dönüşebilmektedir. Özellikle de yeni veriler ışığında akrabalıkların değişiyor olması, bu ağaçların da güncellenmesini gerektirmektedir. Ek olarak, çoğu durumda araştırmacılar bütün türlerin değil, kendi uzmanlık alanlarında kalan az sayıda türün evrimsel akrabalık ilişkilerini araştırmaktadır. Dolayısıyla çoğu durumda bölük pörçük olabilen on binlerce araştırmadan gelen verileri birleştirmek son derece meşakkatli bir iş olabilmektedir.

Buna rağmen, bugüne kadar geliştirilen birçok veritabanı ve görselleştirme, türlerin birbirleriyle akrabalık ilişkilerini kolay ve etkili bir şekilde görebilmemize katkı sağlamakta, bu ağaçların farklı dalları arasında gezinmeyi mümkün kılmaktadır.

Bu yazımızda, bunu yapan farklı siteleri sizlerle paylaşacağız.

İnternetteki Evrim Ağaçları

Yaşam Ağacı

Bu konuda kendi girişimimiz olan Yaşam Ağacı projemize öncelik vermemizi mazur göreceğinizi ümit ediyoruz:

• İnternet Sitesi: /next/yasam-agaci

Bilgi: Yaşam Ağacı; farklı dal bağlantılarına tıklandıkça ekranınıza sığamayacak büyüklüğe erişebilecek bir ağaç olduğu için, bu sayfada daha rahat hareket edebilmeniz için sayfa "sürüklenebilir yapıda" hazırlanmıştır. Herhangi bir yere tıklayıp, farenizi sürükleyerek sayfada gezinebilirsiniz.

Yaşam Ağacı

Yaşam Ağacı, Evrim Ağacı tarafından başlatılan ve Evrim Ağacı yazarları tarafından geliştirilen bir türler kataloğudur. Bu türler, evrimsel akrabalık ilişkilerine göre, filogenetik bir ağaç olarak gösterilmektedir. Dolayısıyla birbirine yakın dallarda bulunanlar daha yakın, uzak dallarda bulunan daha uzak akraba türlerdir. Dalların ucundaki isimlere tıklayarak, o takson ile ilgili bilgi alabileceğiniz içeriğimize gitmeniz mümkündür. Bu içerikler içinde, Evrim Ağacı bünyesinde çalışan gözlemci ve fotoğrafçılarımızın özgün gözlem ve fotoğraflarını görmeniz mümkün olacaktır.

Yaşam Ağacı, sabit bir ağaç değildir; Evrim Ağacı üyesi olan doğa gözlemcilerimizin ve doğa fotoğrafçılarımızın yaptıkları gözlemler ve çektikleri fotoğraflara bağlı olarak zaman içinde gelişmekte, değişmekte, evrimleşmektedir. Dolayısıyla Yaşam Ağacı'na her uğradığınızda, yeni dalların oluştuğunu görebilirsiniz. Ayrıca proje yapım aşamasında olduğu için, dalların ve ara basamakların eksik olduğunu görebilirsiniz. Bu eksikler zaman içerisinde tamamlanacaktır.

Dünya'da yaşayan ortalama 8.7 milyon ökaryotik, on milyonlarca prokaryotik canlı türü bulunmaktadır. Bu yaşayan türler, bugüne kadar yaşamış ve yok olmuş bütün türlerin %0.1 civarını oluşturmaktadır. Bu sayılar ışığında, Yaşam Ağacı projesinin ne kadar azimli, zorlu ve uzun dönem bir proje olduğunu anlamak mümkündür. Ancak amacımız, başta Türkiye'de bulunan türleri, Türkiye'deki doğa gözlemcilerimizin özgün tespitleriyle kategorize etmek, bir yandan da tüm Dünya'daki türleri yavaş yavaş Yaşam Ağacı'na eklemektir.

Eğer siz de kendi gözlemlerinizi içerik olarak eklemek isterseniz, buraya tıklayarak gönderebilirsiniz.

Lifemap

ABD Ulusal Biyoteknoloji Enformasyon Merkezi'nin (NCBI) taksonomi veritabanını otomatik olarak görselleştiren, en basit evrim ağacı sitelerinden biri. NCBI veritabanı fazlasıyla "mekanik" olduğu için, Lyon Üniversitesi bunu daha anlaşılır bir görselleştirmeye çevirmiş:

• İnternet Sitesi: http://lifemap-ncbi.univ-lyon1.fr/

Lifemap

OneZoom

Evrimi fraktal bir ağaç olarak gösteren harika bir internet sitesi:

• İnternet Sitesi: https://www.onezoom.org/life/@Hominidae=770311

OneZoom

Her bir dala yaklaşıp uzaklaşarak türler ve taksonlar arası akrabalık ilişkilerini görebilirsiniz.

OneZoom

Ayrıca sağ üst kısımda "Advanced Search" (Gelişmiş Arama) kısmını açarak, 2 ayrı taksonu girmeniz hâlinde bunların ayrışma yerini ve her birine giden dalları görmeniz mümkün (örnek):

OneZoom

Open Tree of Life

Bugüne kadar geliştirilmiş en kapsamlı evrim ağaçlarından biri bu:

• İnternet Sitesi: https://tree.opentreeoflife.org/

Open Tree of Life

Ne yazık ki Lifemap gibi oldukça kısıtlı miktarda bilgiye sahip olan sitede, daha ziyade güncel taksonomiyi takip etmek mümkün. Ayrıca arayüzü de diğerleri kadar ilgi çekici ve basit değil.

TimeTree

Temple Üniversitesi tarafından sürdürülen TimeTree projesi, 2 türün ortak atasının ne zaman yaşadığını veya bir türün evrimsel geçmişinin ne olduğunu görebilmeniz için tasarlanmış, David Attenborough'nun Emmy Ödüllü belgeseli Rise of Animals'da da gösterilmiş olan, harika bir internet sitesi.

• İnternet Sitesi: http://timetree.temple.edu/

TimeTree

Örneğin "Get Divergence Time" (Ayrışma Zamanını Öğren) kısmındaki Taxon 1'e insan (Homo sapiens), Taxon 2'ye Çam Ağaçları (Pinus) girecek olursanız, böyle bir sonuç veriyor:

Timetree

Burada, bu iki taksonun ayrıştığı medyan zaman (bu örnekte 1113 MYA = 1113 milyon yıl = 1.1 milyar yıl) ile tahmini ayrışma zamanı (bu örnekte 1144 MYA) verilmekte. Burada "medyan" ve "tahmini" gibi istatistik terimleri kullanılmasının nedeni, sitenin bu ayrışmayı hesaplamakta kullanılabilecek verisetlerine sahip makaleleri tarayıp, bunların istatistiki analizini yapıp, ona göre hata payları çerçevesinde bir süre veriyor. Mesela bu örnekte, eldeki araştırmalar göre, 1144 MYA sayısının güven aralığı 672-1270 MYA olarak verilmiştir; yani girilen iki taksonun ortak atası 672 milyon ilâ 1270 milyon yıl önce arasında yaşamış olmalıdır. Bu sonuca ulaşmakta kullanılan makaleler ve her bir makalenin ayrışma tahmini de alt kısımda verilmektedir (her birine tıklayarak makaleleri de okuyabilirsiniz):

Timetree

Ayrıca bu ayrışma süresince geçen jeolojik zaman skalası, Dünya'ya çarpan göktaşları, Güneş parlaklığının değişimi, CO₂ ve O₂ değerleri de bu grafikte gösterilmektedir (en sağdaki noktalar, yukarıdaki makalelerin tahmin ettiği ayrışma süresini ayrı ayrı göstermektedir; noktalara tıklayarak makalelere de inebilirsiniz):

TimeTree

Sitenin ana sayfasındaki 2. kısım olan "Get an Evolutionary Timeline" (Evrimsel Geçmişi Gör) seçeneğine Homo sapiens gibi bir tür girecek olursanız, türün evrim ağacını ve türe kadar gelecek olan soy hattının her bir gruptan ayrışma süresini "milyon yıl" cinsinden görebilirsiniz:

TimeTree

EvoGeneao

Daha önceden statik hâlini Türkçeye kazandırdığımız bu site, bizim favorilerimiz arasında ve evrim tarihini öğrenmek açısından çok faydalı:

• İnternet Sitesi: https://www.evogeneao.com/en/explore/tree-of-life-explorer

Evogeneao

Zamanı, bir göle atılan taşın etrafında yayılan dalgalar gibi modelleyen bu ağaç, insan ve diğer tüm canlıların ortak kökenini görebilmeniz için harika görselleştirme sunuyor. Örneğin koniferlerin üzerine tıkladığınızda, bu ağaçlarla insanların ortak atasının neye benzediğini ve kaç nesil önce yaşadığını görebiliyorsunuz:

Evogeneao

Interactive Tree of Life

Biraz daha akademik ve üst düzey bir araç olan iTOL, dairesel bir evrim ağacı modelini takip ediyor:

• İnternet Sitesi: https://itol.embl.de/itol.cgi

iTOL

Bu siteyi kullanarak kendi ağaçlarınızı çizebiliyorsunuz, var olan verisetlerinizi işaretleyebiliyorsunuz ve ürettiğiniz ağaçların çıktılarını alabiliyorsunuz. Üstelik bu araç, üzerinde 50.000'den fazla dal olan ağaçları bile görselleştirmenizi ve sağ üstteki araçlar menüsü sayesinde özelleştirmenizi sağlıyor.

NextStrain

Özellikle SARS-CoV-2 gibi patojenlerin evrimine odaklanan bu site, uluslararası bir işbirliğine dayanıyor ve hastalıkların evrimine güçlü bir ışık tutuyor:

• İnternet Sitesi: https://nextstrain.org/

NextStrain

Ne yazık ki tüm türlerin evrim ağaçlarını göremediğiniz için, burada daha kısıtlı bir bilgiye erişiminiz var. Buna rağmen, o bilgiyi muhteşem bir şekilde görselleştirmek mümkün. Örneğin yukarıdaki ağacı, radyal/dairesel bir evrim ağacına çevirebiliyoruz:

NextStrain

Site, evrimin "popülasyon içi gen ve özellik dağılımlarının zaman içinde değişimi" şeklindeki ana tanımını da enfes bir şekilde görselleştiriyor:

NextStrain

Buradaki yükseklik miktarı, belli bir virüs suşunun popülasyon içindeki frekansını, dolayısıyla baskınlığını gösteriyor.

Microreact

Spesifik genetik epidemiyoloji verisetlerini filogenetik görselleştirmeye çeviren Microreact da NextStrain gibi daha kısıtlı ve niş ağaçlara odaklanıyor:

• İnternet Sitesi: https://microreact.org/

Microreact

Örneğin Y kromozomuna dayalı insan filogenisini şu şekilde görmek mümkün:

Microreact

Herhangi bir veri noktasına tıklayarak, onun ağaç üzerindeki yerlerinin işaretlenmesini de sağlayabiliyoruz:

Microreact

Sonuç

Görülebileceği gibi internette evrimi görselleştiren bolca araç bulmak mümkün. Tabii ki tüm bunların ne anlama geldiğini anlayabilmek için, evrimsel biyolojiyle biraz daha aşina olmak gerekiyor; bu nedenle de Evrim Ağacı sitemizi kullanabilirsiniz (buradan başlayabilirsiniz). Ayrıca bütün canlılığın sistematik sınıflandırmasıyla ilgili (İngilizce) bir anlatım isterseniz, bu video serisini öneririz.