Modern bilim çerçevesinde evrimin nasıl gerçekleştiğini çok net bir şekilde bilmekteyiz. Ancak her bilim dalında olduğu gibi, oldukça iyi bildiğimiz süreçleri daha yakından inceledikçe, onlara dair çok daha ilginç ve ilk bakışta gözden kaçabilecek detayları keşfetmeye başlarız. İşte evrimsel biyoloji dahilinde Moleküler Evrimin Nötral Teorisi ya da kısaca Nötral Teori olarak bilinen teori, bu ilginç detayların en önemlilerinden birisidir. Ayrıca bu teori, Evrim Teorisi dediğimiz teorinin tek taraflı bir teorik altyapıdan gelmediğini, çok sayıda teorinin bir araya gelip, bir bütün olarak çalışarak, canlıların bugünkü çeşitliliğine nasıl ulaştığını açıklamamızı mümkün kıldığını göstermektedir. Bu da, Evrim Teorisi'nin bu kadar güçlü bir teori olmasının nedenlerinden sadece bir tanesidir.
Genel evrimsel süreci bilirsiniz, biz de bolca anlattık. Evrimin tamamını iki büyük aşamaya ayırmak mümkündür: Çeşitlilik Mekanizmaları ve Seçilim Mekanizmaları. İlki, popülasyon içinde durmaksızın çeşitlilik yaratan mekanizmalardır. Bunlar arasında mutasyonlar, kromozom çaprazlanması (crossing-over), yatay gen transferi gibi birçok mekanizma bulunur. Bunlar gerçekleştikçe, popülasyon içindeki genlere yeni varyantlar (çeşitler) katılır veya var olan varyantlar birbirleriyle karışır. Bu varyantlar, genler ve bu genlerin değişimi/karışımı yoluyla oluşur. Böylece popülasyon içi çeşitlilik dağılımı rastgele bir şekilde değişir. Ancak bu rastgeleliği eleyip, düzenli bir forma sokan ikinci basamak Seçilim Mekanizmaları'dır. Söz konusu var olan ve durmaksızın değişen çeşitlilik, çevresel etmenlere karşı her an sınava tabi tutulur. Kimi çeşitlilik, diğerlerine göre daha avantajlıdır ve o çeşitliliğe sahip bireylerin daha kolay hayatta kalmasına ve/veya daha kolay üremesine yardımcı olur. Böylece bu çeşitliliğe rastgele bir şekilde sahip olan bireyler daha kolay hayatta kalır ve/veya ürerler; bu sırada da kendilerini avantajlı kılan genleri gelecek nesillere daha sık aktarırlar. Bazı genlerden doğan bazı varyantlar ise, popülasyonun içinde bulunduğu çevre şartlarında diğer bireylere göre daha dezavantajlı konumda kalırlar. Bunlar ya daha az hayatta kalır ve/veya ürerler, ya da hiç hayatta kalamaz ve/veya hiç üreyemezler. Bu durumda, onları zayıf kılan dezavantajlı genler de gelecek nesillere ya hiç aktarılmaz ya da daha seyrek aktarılır. Böylece bu şekilde bol çeşitli varyantlar arasından, içinde bulunulan çevreye en uyumlu olan varyantların sayısı her nesilde birazcık artar; uyumsuz olanların sayısı ise her nesilde birazcık azalır. Böylece canlıların popülasyonunun geneli, çevrelerine giderek daha uyumlu hale gelecek biçimde değişir.
